Naruhiko berkenalan dengan Masako Owada (lahir 9 Disember 1963), seorang diplomat di bawah Kementerian Luar Negara Jepun di bawah ayahnya Hisashi Owada yang bertugas sebagai hakim dalam Mahkamah Keadilan Antarabangsa, bekas naib menteri luar negara serta bekas duta Jepun ke Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu ketika Masako berusia 29 tahun, sebelum melamarnya (sebanyak dua kali mengikut laporan berita) tidak lama kemudian. Pihak Istana Maharaja mengumumkan pertunangan mereka pada 19 Januari 1993.

Pada 9 Jun 1993, Naruhiko and Masako Owada berkahwin di Dewan Maharaja Shinto di Tokyo yang dihadiri 2,500 tetamu undangan termasuk semua ketua negara diraja dan kebanyakan ketua negara bukan diraja Eropah serta ditonton 500 juta orang di seluruh dunia.

Perkahwinan Masako kepada Naruhiko menjadikan Masako diberikan gelaran Puteri Mahkota Jepun. Pasangan diraja tersebut bersemayam di Istana Tōgū Estet Akasaka di Minato, Tokyo selepas itu.